萧维祯看见于谦是个明白人，终于忍不住说了实话：“于公可谓明白，事出朝廷，承也是死，不承也是死。”
因为没有任何证据，三法司只好加上“意欲”二字，给于谦和王文定的罪名为“意欲迎立藩王”，“坐以谋逆，处极刑”。所谓“极刑”，便是千刀万剐之刑，按例要割三千三百五十七刀。沈敬被无辜牵扯进来，也跟着倒霉，被认为是于谦和王文的同谋，不过罪减一等，免死罪，充军铁岭。
当案子的审理结果递到明英宗朱祁镇手中时，皇帝见给于谦的定刑是一个“死”字，不禁犹豫起来，迟疑着道：“于谦实有功。”
在朱祁镇的心中，对于谦的恨意极重，于谦主张“社稷为重，君为轻”，对他个人造成了深深的伤害。在当俘虏的北狩期间，他甚至有必杀于谦而后快的念头。但如今的朱祁镇，已经不是八年前的那个年轻皇帝了。经历了一系列的苦难后，他逐渐明白，倘若当初不是于谦坚决抵抗瓦剌并取得了一系列的胜利，非但他本人永远回不到京师，就连大明朝廷恐怕也早是风雨飘摇。所以，这一句“于谦实有功”很好地表达了他内心深处对于谦态度的转变。
徐有贞见明英宗迟疑，马上攘臂直前，大声道：“若不杀于谦等，夺门之变则无名，无以昭告天下