畠山昭高和畠喊高政死后就只剩下虾米三两只，哪里还有这么多远大的复国理想，无非就是看到有便宜就占的想法，想要掺和到根来众的事情中去。
现在根来众势衰，连带着自己都要进山吃草根，让这群武士大爷哪里能答应呢。
三两个武士一合计，直接杀了纪伊畠山家最后的族人，下山投降改换门庭去了。
畠山家的奔溃成了为纪伊乱兵的失败吹响了丧歌。在经历了6个月的围城之后，太田城终于开城投降，纪伊领内最后的抵抗势力只剩下了根来众。
根来寺众本就是高野山地区真言宗出身，以前高野山上以金刚寺为首的庙宇还念在同宗的情谊施以援手。
现在秀吉直接把路给堵了，任何人不得进出山门，把各寺庙的香火直接掐断。
纪伊深山，即便在山中种田，又能有多少收成，僧侣们大部分的饮食来源都源自山下采买。现在秀吉就是一刀切的把他们的经济来源，粮食来源掐断了，逼着他们作出选择。
果不其然，随着时间的前进，开始有寺庙僧侣开始和根来众产生冲突，甚至有金刚寺僧兵砍了根来众头颅下山换粮食的事情。
最终在羽柴秀长的担保之下，以铃木佐大夫切腹的条件，换来了铃木家为首的根来众的投降。