昌城中居民尽数屠戮，免得这些居民留下来替清军效力。
左良玉一听有理，遂令屠戮武昌居民。
这是左玉二屠武昌。
左军屠杀之时，城中百姓都说巡抚大人爱民，争相逃往抚衙求救。
何腾蛟带人坐在大门口，让百姓都进衙门避难。岂料左军杀至，不由分说就将何腾蛟绑走，威胁随军东下。
途中左良玉让何腾蛟与他同乘一舟，何腾蛟求给一条小船随行。左良玉便叫弄来一条小船系在他大船后面，命人严加看守。至汉阳门时，何腾蛟趁看守不备突然跳入江中，转眼就被江水吞没。看守惧怕被杀都跟着跳江。
可那何腾蛟也是命大，在江中没有被淹死，反顺流二十多里到了竹牌门一带，一个打鱼的渔民将这位巡抚大人救起，之后何腾蛟便急赶往长沙，聚集过去手下的僚属堵胤锡、傅上瑞、严起恒、章旷等，商讨如何应对左良玉部东下兵犯南都及弃守武昌造成的湖广局面被动之事。
从武昌出发的左良玉六月初九到了江西九江，为了让这次扶保太子更有声势，便派人请江西总督袁继咸到舟中相见。
袁继咸来后，左良玉命人将他从病床上扶起，从袖中取出马士英给予的太子密谕，命人摆香案召集诸将，声明此次东下乃是扶保太