、王祥、曹勋等明将也趁势扩展地盘。原本已经归附大西朝的摇黄十三家也见风使舵，反戈一击，接受明朝方面的招抚攻打大西军。
那些被抓到的大西官吏，或在署衙被当场杀死，或被架到火上烤死，或投入水中溺死，或被抽筋剥皮，活活疼死。明军同士绅对待被俘的大西军将士极其残忍，多地发生活埋大西伤兵的事情。
随着张献忠亲自带御营主力离开成都，形势对大西军越发不利。
而大西军内部对出川抗清也有不满者，骁骑营都督刘进忠部下多是四川籍士兵，这些四川兵害怕北上抗清失败，所以有两千多人哗变叛乱。孙可望率军至保宁后准备就此事处置刘进忠，结果刘进忠害怕被孙可望严厉惩罚，索性率所部七千余人南奔投降重庆的明将曾英，不久又率部同土匪摇黄十三家中的袁韬合营，自称新天王。
明军攻击同士绅地主的袭击以及驻守地区的不断丧失，让大西军筹措北上抗清粮草也变得十分困难。
左丞相汪兆麟劝张献忠暂缓出川，等粮草筹集够了再出川不迟。右丞相严锡命则是劝说张献忠在成都附近留一支兵马，确保西京不失。要不然若大军入陕，包括西京在内的地盘恐怕都要被明军重新夺回。
张献忠却是一意孤行，对两个丞相的劝