杀奴军悉从监国调遣。
顾君恩进言，称当年李自成之所以兵败，除了战略失误外，也与顺军当时各统军大将兵力分散，相互权属不明有极大关系。比如同为侯爷，有的兵马两三万，有的则万儿八千人，遇敌之时，往往一侯难令另一侯，结果导致用兵无法集中，被清军各个击破。
顾的这个进言让陆四想到了太平天国，千王林立，一王难号一王的故事，遂采纳顾君恩的建议，于镇之上再设军制，军之统领称提督，一军辖三镇。
以第九、第十两镇编为第一军，以第十一、第十二两镇编为第二军，以第十三、第十四两镇编为第三军。
第一军提督以高一功兼任，第二军提督以刘体纯担任，第三军提督以贺珍兼任。
之所以没有让自己的嫡系赵忠义出任第二军提督，而是让刘体纯出任，还是出于赵的资历过浅，且第二军是以西路军将士整编组成的原因。
各部整编都很迅速，因为基本都是以原先建制为主，只是去除老弱，抽选精兵组建新的军镇旅而矣。
粮草方面也很充足。
当年李自成决心在西安同清军打一场旷日持久的战争，因此下令抽空了西北数省存粮，于西安城中囤了几百万石军粮，导致一些地方的百姓都无粮可食。