。
不过现在的东海水师却被分成了两支，一支是由沈廷扬族弟沈廷业指挥的淮扬水师（海州水师），有战船八十艘，运输船只一百二十艘，水兵四千余人。
淮扬水师的主要任务就是沿苏北海岸线警戒，并配合淮军通泰集团的长江水营监视长江南岸的明朝水师，同时承担从江南地区购粮任务。
因为南都方面的特殊关系，以及负责明军长江防务的总兵郑鸿魁同淮军私下达成的合作，淮扬水师自组建之后并没有同明军发生冲突，相反还积极的充当了“走私船”这一角色。
一方面将淮扬方面所急需的货物、粮食从江南源源不断购入，另一方面也将淮扬最主要的货物淮盐往江南输送，因而严格意义上来说，淮扬水师更像是一支淮军组织的以海船为运输方式的商队，而不是水师。
真正充为水师使用的是沈廷扬本人指挥的辽东水师。
辽东水师有战船130余艘，运输船只近200艘，主要基地是前明的东江镇，辅助基地是登莱的原登莱水营。
自淮军都督陆四决意派兵攻打空虚的辽东后，沈廷扬就指挥辽东水师将淮军第七镇运往辽南的金州，同时从登州往东江、金州等地运去第七镇所需的粮食军械，同时也将第七镇解救的辽东汉民往山东迁移