又见张献忠有大志便欣然投降，出任大西政权的礼部尚书。
任上除帮助制定大西礼制，主持礼务事务，还不断向张献忠举荐人才，利类思、安文思就是在其举荐下得张献忠重视，授天学国师。
但关于在长安定都兴制一事，吴继善有很多想法是同汪兆龄不同的。
他认为大西若能击败大顺，便是真正的北方一统者，如此就不能再如从前那般行过激政策，对明朝也要给予正面承认，对前明官绅和地主阶级也要尽量拉拢，不能国库一没银子就打这些地主士绅的主意，甚至还要保护这些地主士绅的田产，从而收取北方士绅读书人之心，从而为一统中国奠定基础，实现“以西代明”的朝代更替。
中国人自古以来重礼制，由此吴继善便坚持长安定制应当以明制为核心只做些许调整即可。
礼制确定之后，其余各项政策肯定要受影响，如此一来大西就能光明正大的继承朱明法统，成为中国历史上又一为正史所承认的朝代。
吴说来说去，其实就是一句话——“大西虽是农民泥腿子打下的江山，可真正治国治天下还得靠士绅读书人。”
吏部尚书胡默是广济生员，前明多次科举不中，对朱明很是失望，因此于大西政权中同汪兆龄是一贯坚持彻底否定明