一直隐居南京郊外，不知怎的就被应天府查获。
侯恂是崇祯朝的罪囚，原因是他奉命督师解开封之围时，不敢与农民军作战，坐视开封陷落，所以被罢官下狱。
可笑的是，救出侯恂的正是他不敢与之作战的农民军。被李自成从狱中放出后，侯恂并没有生出归顺之意，反而与其子侯方域等悄悄潜逃南京，本是想观望局势再决定下一步，没想被应天府给查获了。
这件事很快被孙武进控制的锦衣卫探知，侯恂是崇祯钦定的罪囚，甚至可以说是死刑犯，因此按理当收捕入狱等侯新朝处置。
当时正逢左良玉领军东犯，众所周知侯恂与左良玉关系密切，甚至传闻左良玉年轻时是侯恂的“男宠”，因此朝中都说是侯恂勾结左良玉来犯，按律当诛。
孙武进哪知道什么侯恂，但寻思这老小子和左良玉关系好，而现在左良玉有二十万大军，他孙二爷手里不过两三万人，万一打不过左良玉倒是可以通过侯恂同左良玉谈一谈合作的事。
便将人给救了下来，对外宣称侯恂死在牢中，实际却是秘密关押在他的府邸中。
后来左良玉病死，左梦庚没打得过马士英，南京之危解除。侯恂的价值便不大了，不过孙武进却发现其子侯方域却是不错，当真是文采斐然，