代善、济尔哈朗、宁完我、刚林四贼被诛后，参与此案的原满蒙八旗官兵及满洲宗室七百余人伏法。
为了深挖，保证大顺政权的稳定，不致谋逆分子潜藏，刑政府尚书陈不平指示相关人员继续彻查，务求将藏在满洲降人中的谋反分子全部捕获，结果此案持续近一年，最终查实事涉谋反的满洲、蒙古、汉军降人七千余。
除一千余发往军中为奴外，余者皆伏法。
因此案持续整个隆武元年，故称隆武第一大案，后世史学家又将此案同隆武三年的江南钱粮舞弊案、隆武九年的两广海贸案合称“隆武三大案”。
听说伯父代善同济尔哈朗被大顺凌迟处死后，被安置在北京西山碧云寺随大师玉林通修习佛法的原满洲顺治帝、大顺安乐公福临极度恐惧，唯恐大顺将他拖到城中活剐，竟是当场吓晕，之后生出一场大病，接连数日不食。
每日都做恶梦，梦醒只一语：“莫剐我，莫剐我。”
玉林通深爱福临这个有慧根的弟子，不以其出身为嫌，便命弟子茆溪森进京请托，希望宫中的福临生母布木布泰能够为儿子求来一线生机。
茆溪森辗转找到京中西洋教士汤若望。
这个汤若望于甲申年也就是顺治元年，曾将修订的《崇祯历书》