江北省立后，设巡抚衙门于淮安，布政使司、按察使司同设淮安，巡抚掌总，布政管民政，按察管刑律。
大顺沿明制，巡抚、布政使皆为从二品，按察使则为正三品。江北所辖扬州、淮安、徐州、通州四府知府统为正四品。
此外，淮安还设有协理漕运衙门，此衙门是在前明总督漕运衙门基础上改建而来，由正二品总督降格为正四品协理，所属理漕参政、监兑、理刑、主事等官皆六七品不等。
同前明将漕运重心放在淮安不同，大顺将漕运重心放在了山东济宁，于此地设总理漕运衙门，总理便是前明降将，曾任山东招抚大使的胡尚友。
也就是说淮安的协理漕运衙门属于山东总理衙门的分支，前者主要负责扬州至徐州段漕运事务，后者则主要负责徐州至北京的漕运段事务。
之所以如此，是因为中央政府考虑江北地区比山东繁荣，如果仍同明朝一样将漕运总督衙门设在淮安，除了让淮扬地区愈加繁荣，对于运河流经的山东地区无任何好处。
但要是将漕运总理衙门设在济宁，则能使济宁代表的山东南部地区获得一个政治及经济特权。
随着时间的发展，这个政治与经济带来的特权便可以让山东南部得到空前的发展，如此有利于整