时间永远是人类无法把握的东西，总是在我们的不舍中流逝，一转眼时间已经过去了三年，这三年时间，忍界可以说是风起云涌，晓组织不断地收集尾兽，掀起了巨浪，将忍界闹的是鸡犬不宁，佩恩袭击木叶，几乎凭借一人之力将木叶摧毁，如果不是鸣人及时赶回，凭借着强大的实力和极具感染力的魅力使用嘴遁将长门劝说回头，木叶基本就可以说是全灭了。
当然晓组织也并不好过，基本是全灭，宇智波鼬走上了老路，甘愿牺牲自己成全了宇智波佐助，艺术二人组、不死二人都已死亡。以及黑暗中永不凋零的花小南也被宇智波带土所杀，几乎可以说忍界中每天都有新的变化，令人错不及防。
这三年的时间中宁次只出关一次，就是在自来也潜入雨之国，到晓组织大本营打探消息时，感受到了精神的异动，出手将即将沉入海底的自来也带了回来，总算是改变了井底之蛙沉入海底的悲剧，也是的豪杰自来也传得以延续，回报了自来也对自己的授业之恩。之后的时间，宁次进入到了更深层次的闭关，主动切断了与外界的所有联系，即使是木叶被佩恩六道入侵的危急时刻，宁次也没有出现。
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“可恶，忍术对他完全没有作用，难道只能通过纯物理攻击的