第三次忍界大战爆发了，率先发起战争的是砂隐村和岩隐村。
岩隐忍者大军突破草之国，直插火之国的国境。木叶忍者虽然立即派出精锐部队迎击，但是兵力上处于劣势，遭到了勐烈攻击，陷入了被动状态。为了阻挡岩隐忍者部队的攻势，木叶决定切断敌人的补给路线，进行偷袭作战。
在阻挡岩隐忍者的战争中，波风水门以彪悍的战绩，获得了“黄色闪光”之名，极具威望。切断敌人补给的计划，就交到了波风水门的手上，他带领着新晋上忍卡卡西，中忍带土和琳，前去执行破坏“神无神毘桥”任务。
砂隐村忍者大军入侵雨之国，逼近火之国边界，由大蛇丸与纲手率领的木叶忍者部队，展开了大战。砂隐村企图联合雨之国，却被团藏暗中破坏了。团藏早早就拉拢了雨之国首领半藏。雨之国诞生了一个极为强力的组织“晓”，年迈的半藏极其忌惮，团藏便以协助铲除“晓”组织为筹码，与半藏达成了合作，让木叶少了一方敌军。
云隐村和雾隐村正蠢蠢欲动，指不定什么时候就入侵火之国，挑起大战。总而言之，火之国四面受敌，木叶忍者全面出击，整个忍者世界乱成了一锅粥。
正如团藏所言，大战一起，所有人似乎都将宇