剧情跟原版差不多。
矩阵生活中的一名年轻网络黑客尼奥发现，看似正常的世界实际上似乎被某种力量控制着，尼奥便在网络上调查此事。
而现实生活中的人类反抗组织船长文卓，一直在矩阵中寻找传说中的救世主，就这样在人类反抗组织成员崔妮蒂的指引下，与尼奥见了面，并帮助尼奥从矩阵中回到了现实世界。
原来在20xx年人类发明了人工智能，然后机器人叛变与人类发生战争，人类节节败退，迫不得已把天空布满乌云，切断机器人的能源太阳能。谁知道机器人发明了生物能源，利用基因工程大量制造人类，把他们接入矩阵在虚拟中生活，以产生更多的能源。
尼奥得知真相，加入了人类反抗组织，在文卓的训练下，渐渐成为了厉害的“黑客”，并展现出与其他成员不同之处，让文卓确信他就是救世主。
就在此时人类反抗组织出现了叛徒，文卓被抓，尼奥前去救出了文卓，在逃跑过程中被矩阵的“杀毒软件”特工史密斯杀死。结果反被尼奥得到了新的力量复活，真正成为救世主，把无所不能的史密斯反杀。
从此，人类与机械的战争，进入了一个全新的时代。
《黑客帝国》的第一部，剧情