戍司令部召集南京守军师以上将领召开紧急军事会议，安排撤退事宜。
会上唐生智出示了老蒋的命守军相继撤退的电令，随即命令各部队按照计划，于12日夜晚开始相继撤出南京。随后由参谋长周斓将实现印好的撤退突围作战计划下发给了各部队，命令各部队按照计划，实施撤退突围。
然而之前制定的计划是14日开始撤退，现在突然改到了12日晚上，多少有些仓促，何况南京守军之前并没有安排撤退，以至于命令下达之后，各部队在撤退之时，立刻出现了大规模的混乱。
值得一提的是，许多将领在散会之后，就提前逃跑了，致使南京守军产生了更大的混乱。
各军、师长大多未按命令规定的时间开始撤退，而是在散会后立即部署部队撤退。有的单位在接到命令前即已撤走。如卫戍司令部第2军团负责固守乌龙山要塞以掩护其他部队撤退和突围，应最后撤退，但徐源泉于12日下午即率其第41师和第48师从周家沙和黄泥荡码头乘坐其预先控制于该处的民船最早渡至江北，经安徽去江西整顿。乌龙山要塞部队在徐源泉部撤走后，也于当晚毁炮撤去江北。有的将领只向所属部队打撤退电话，或回去安排一下撤退事宜就脱离部队，先行到达下关，