流导向和束流偏转移除而设置的自动控制系统。它可分为聚焦系统、导向系统和偏转系统三部分。
4．稳频、温控及充气系统
微波系统的附属系统有自动稳频系统、自动温控系统和波导充气系统。
微波自动稳频系统是为了协调微波源与加速管之间电磁振荡频率一致的重要环节。
自动控温系统也是医用电子直线加速器中重要的组成部分，因为在医用电子直线加速器中，有许多的部件在工作时都要发出不同的热量，而这些部件只有在恒温条件下才能保证稳定工作，温度控制方式一般采用水循环强制冷却自动恒温系统。
波导充气系统是指给微波传输系统充以一定压强的特定气体的一套装置，目的是为了增加波导管内气体分子的密度，缩短气体分子的平均自由程，从而提高波导管的击穿强度阈值，防止微波功率传输时可能发生的波导管内打火现象。
5．真空系统
真空系统可以保持电子运动区域和加速管内的高度真空状态，一方面可以防止电子枪阴极中毒、钨丝材料的热子或灯丝氧化，另一方面可以避免加速管内放电击穿，还可以减少电子与残余气体的碰撞损失。
6．高压脉冲调整系统