忍者医院中，已经成为纲手弟子的旗木辉，继续为忍者们治伤。
每治好一个忍者，辉都能得到不少查克拉和声望，为了自己的将来，辉必须从现在开始努力。因为辉知道，留给自己的时间已不多了。
木叶46年，正是多事之秋，砂忍和木叶，在桔梗山的战争，仅仅只是第三次忍者大战的开头，现在的木叶虽然强大，但是明年危机将会来临。
除了宇智波斑控制三代水影和忍刀七人众入侵木叶之外，木叶与其它四国的战争将会全面爆发。
大蛇丸因为人体实验暴露，叛离了木叶，自来也为了监视大蛇丸，也离开了木叶，纲手这一年也莫名奇妙的离开了木叶。
传奇三忍相继的离开，让木叶实力大减，随着忍者大战的全面爆发，木叶无数忍者在战争中牺牲。好不容易打赢了战争，木叶49年，九尾又来袭，木叶差点毁于一旦。
第三次忍者大战非常残酷，许多幼小的忍者都被送上了战场。
因为团藏一心想削弱宇智波家族的实力，这场战争宇智波有很多年轻一代被送上了战场，在战争中死了不少，团藏趁着这个机会，秘密收集了不少宇智波家族死者的写眼轮，宇智波也因为这个原因，对木叶的怨恨变