值得一提的是，林丹汗执政前期其势力还十分强大，漠北的喀尔喀三部以及漠南诸部的首领会定期前往察汉浩特朝见林丹汗，并与大汗共同商讨政务大事，参加大汗举行的宴会、围猎等活动。
蒙古各部汗、济农、诺延、台吉，按照图们札萨克图汗**约束诸鄂托克，并定期向林丹汗朝贡献物
不过，后来林丹汗由藏传佛教的黄教改信藏传佛教的红教，这使得信奉黄教的漠北喀尔喀和漠南右翼蒙古各部汗、济农、诺延、台吉，与林丹汗逐渐有所疏远。
十六世纪初，漠南蒙古各部经过联合形成六大部落集团，并分为左、右翼。
其中，左翼蒙古由察哈尔、喀尔喀、兀良哈等部构成，右翼蒙古由土默特、鄂尔多斯、永谢布等部构成。
虽然林丹汗改奉红教后其统治地位大受影响，但此时蒙古各部基本上仍听从于他的号令。
可随着后金的崛起，漠南蒙古的科尔沁部、内喀尔喀部等与后金相近的部族与后金的关系在战争中变得复杂起来，使得林丹汗的统治地位受到了极大的冲击。
林丹汗十三岁继承蒙古帝国的汗位，这些年来也算是励精图治想要中兴蒙古帝国，李宏宇相信林丹汗肯定清楚大明对后金制衡