外出旅行的真新镇训练家的小精灵，在没将它们全部安全转移，大木博士是不会离开的。
“……我知道了，我们一起帮忙。”
小智见到大木博士坚定的表情，就知道无法说动大木博士，只能要求留下来，来帮忙一起转移小精灵。
小智和小霞立即上来帮忙，幸好研究所的传送装置足够多，除了附近的小精灵中心之外，就连王灵那里因为有伊娜在的原因，也是帮忙接收紧急传送过去的小精灵，小智更是让皮卡丘它们去通知没有收进小精灵球中的那些小精灵。
这里发生的一切，在常磐森林修行的小茂并不知情。
和小智失散的小刚现在正和怀特在一起，因为怀特选择了留下来，小刚也留在来保护怀特，更可况小刚还是道馆训练家。
“毁灭世界的两股力量
黑色的黑暗，染黑了天空
金色的眼眸，染乱了气
把世界一分为二的争端
使得人们束手无策……”
“果然，人类是没有办法赢过它们的！”
怀特口中念着石板中的话，露出绝望的表情！
“不要灰心，我们还是有机会的。”小刚说道。