碇唯“复活”并没有在NERV造成多大的影响，事实上除去冬月副司令和律子这样的核心成员外，NERV几乎没人知道碇唯。
日子一天天过去，NERV的重建十分顺利。与此同时，政府也开始对NERV进行了大刀阔斧式的改革。
出于对EVA强大力量的恐惧，联合国在一番讨论之后出台了《EVANGELION禁止法案》，决定禁止一切关于EVA的使用和研发，现存的四台EVA、莉莉丝和郎基努斯之枪将全部沉入太平洋洋底，也不再作为绝密的特务机关存在，而是改革重组成为一个全新的科研机构，依旧附属于联合国，继续研究生命进化学。
碇源堂虽然依旧掌握着NERV，但是这时候已经不能再他叫“司令”了，而应称他为“NERV研究院院长”。冬月则拒绝了“副院长”的头衔，他说既然一切都已经结束了，他想回到校园做回自己的老本行，也就是老师，当然，这不代表他离开了NERV，他在NERV还挂着个“顾问”的头衔。
冬月拒绝了任聘后，这个副院长的职位就自然而然的落在了美里的头上，美里算是又升了一级，可喜可贺。律子依旧是NERV的首席科学家。加持则离开了NERV，开始真正为内务府工