只进食流体食物，它们在进食前要将食物由固体变为液体并咽到肠的前段储藏，然后送至肠的中段消化。苍蝇在进食前从嘴部的唾液腺管中分泌大量的唾液于食物上、(这些唾液腺遍布全身)，在进食同时，也将前肠中储备的食物反胃吐到食物上。于是，在此过程中，位于唾液腺或前肠处的病原体被传播开来。在进食过程中，苍蝇还会迅速排泄，而从后肠出来的排泄物也会传播病原体至食物中。它们会在食物上一边吐、一边吃、一边拉，这样的吃饭方法反而保证了苍蝇的健康安全。
不过，就算有这样的消化系统，苍蝇还是免不了吃进去一些病菌细菌，如果没有应对措施，终将危害苍蝇自身肌体。
苍蝇进化出来的办法是，遇上具有快速繁殖能力的细菌时，苍蝇的免疫系统就会发射 BF64、BD2 两种球蛋白，一旦与细菌接触，就会发生“爆炸”，与细菌“同归于尽”。这两种球蛋白的发射总是一前一后，成双成对，从不错乱。值得指出的是，BF64、BD2 的杀菌能力要比青霉素强千百倍。
人类科学家早就致力于提取苍蝇体内的 BF64、BD2 用于治病，这种纯天然的抗生素有助于解决人类世界已经日益严峻的“超级病菌”问题。