战争的初期，因为忍界联合体国家是被动防御的方式进入战争，而协约国军队则是准备了详细的计划，所以对于忍界联合体国家来说，这是相当大的劣势。
最初土之国甚至控制了风之国大半的国土，而雷之国也几乎吞并了整个雨之国，和火之国进行了边境战争。
但是随着战争的逐步进行，忍界联合体强盛的国力优势逐渐显现了出来，新征召的忍者构成了新的军队投入了战场。
而一条条装备生产线，也让大量的起爆符，兵粮丸，苦无，手里剑武装了这些忍者军队。
水之国因为船舰生产线十分完备的缘故，海军又迅速地回到了忍界最强的地位。
在战争的后期，忍界联合体取得了近乎绝对的优势。
但是药师兜依然是不可撼动的力量，甚至最高领袖漩涡智树和药师兜的几次交锋，都处于下风，最后不得不退却。
直到最后，重夺雨之国大战役之时，药师兜被最高领袖之妹，秋本由真杀死，才结束了这场战争。
几乎没有人能够解释，为什么强大到连最高领袖都无法杀死的药师兜，居然会被一个声明不显，甚至在木叶内战前夕犯下重罪的秋本由真杀死。
毕竟
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