剧组在摄影棚里的拍摄进行得很顺利，剧组于2oo2年11月赴洛衫矶的圣佩德罗港转场进行外景的拍摄。，其中部分激烈的海战场景在南湾的摄影棚中拍摄，后面的部分拍摄则在加勒比海上完成。
这次维宾斯基找来了之前与他合作《危险情人》的摄影师达瑞兹－沃斯基为本片掌镜。对沃斯基来说，海上外景的拍摄是富有挑战的，因为在6地上，白天的外景可以根据光线做出调整，而在海上，船只只会朝着一个方向航行，由此为取景角度造成了不小的局限。在揣摩那个年代的绘画作品以获取设计来源的同时，沃斯基也在研读大量早期的海盗和一些探险题材的经典影片，希望从中有所借鉴。
这一段的拍摄大多集中在海上，在影片拍摄期间，很多演职人员都曾晕船，凯拉－奈特利惟恐晕船而服用了止吐药，结果她很快就睡着了。相比之下林明阳的适应能力要好一些，他很快克服了晕船的困扰。海上的拍摄林明阳出场的戏并不是很多，所以他经常呆在摄影师身边，向对方学习一些摄影的技巧。
作为影片中最重要的海盗船之一，“黑珍珠号”几乎是杰克船长一切噩梦的根源所在，这艘看起来壮观异常的海盗船，其实也有一个“空架子”，它必须得在拖船的帮助下