接连不断的穷凶极恶犯罪事件下的日本，没有官方设立的谍报机关的日本，对国内外的犯罪集团来说是一个极易下手、管制宽松的好地方。
为了打破现状，警察厅内组建了一支名叫“KI7”的部队。这个部队只有个别相关人士知道，并在档案上抹去了他们在这个世界上的存在。
以被称为“M”的头号特工为首，“KI7”的成员，需要背地里处理的不仅是穷凶极恶的犯罪事件，还有出于政治原因和社会原因不能明面解决的犯罪行为。
但是，在一次任务中，M遭到恐怖分子的埋伏，陷入困境，为了逃跑，在濑户内海的鸣门市附近跳了海。
醒来后，M躺在一个不知名的房间里，什么都不记得了，只有手臂内侧，纹着一行不明意义的数字。
原来，他是被大阪的一对渔夫老夫妻救了起来。
M就这样在这户渔夫家里，住了下来。
在一次英雄救美中，他邂逅了大阪女孩日暮薰。
与此同时，“KI7”以为M已经死了，失去最强特工的“KI7”，被突然袭击的恐怖组织“Shado”，搞得焦头烂额。
恐怖组织不断在“KI7”的保护下，依旧暗杀掉了几名政府官员，