隆和元年七月二十一庚戌日，尚书台拟诏、中书省发布制令，在全国各州郡县开始土断检籍，大阅户人。严明法禁，自庚戌日至戊子日四十天时间内，各州郡县自检，对于某些世家大族违禁藏匿户口，而郡县长吏又无力处置的，可上报土断司，由土断司严办。
诏令以四百里快马加急传递，十日内可传遍东晋各州郡，各州郡从收到制令之日起即开始按制土断检籍，不容懈怠，而在些次土断中无所事事的官吏，将是并官省职的主要对象。
按制，土断怀设在建康，隶属司徒府，土断司下设检籍署，分驻梁、益、荆、扬、江、湘六州，由六州内史摄检籍署长吏之职，负责本州土断诸事宜，遇事要及时向土断司汇报。
东晋名义上有二十三州，但洛阳一带的司州和（）丘一带的兖州数度收复又沦陷，司州刺史从未到任过，这两州自然不会有什么土断，除此之外还有侨冀州、侨幽州、侨并州、侨雍州、侨秦州、侨青州、侨徐州。以及东秦州、北秦州，这九州的州汉基本集中在扬州的京口、晋陵一带，并无实际辖地，乃是王导当年为表示不忘恢复故土、安置流民而设的，州刺史往往是兼职，时置时废，管理相当混乱，桓温这次下决心废除侨州郡县，令侨州县管辖的北地流民