在这次的审判过程中，林修一作为证人在法庭上做出了对黑田昭二有利的证词。从而彻底洗清了黑田长达23年的不白之冤。在黑田向警视厅交出了手上所有的炸药之后，他被以非法持有爆炸物以及危害公共安全两项罪名重新被东京地检署提起了诉讼。经过法庭的数次审判之后，东京地方法院判决黑田有期徒刑为十年，不过在此之前黑田已经在监狱里待了九年的时间了。所以他只需要在东京拘置所里再度过剩下的一年时光就可以重新获得自由了。
因为是秘密的审判，所以媒体方面并不知道黑田的最终判决结果。而新任的法务大臣安藤信子特别批准了黑田昭二变更户籍的要求，从东京拘置所刑满释放之后，黑田将会以全新的身份重新办理自己的户籍，当然了，新的身份也是不对外公开的秘密。
至于法务部原大臣古田和夫，在黑田被捕不久之后就主动辞去了自己的职务，此外许多与当年东京地铁爆炸案息息相关的高级官员也大多辞去了自己的职务，这些空缺出来的职位基本上都被法务部出身的一些官员掌握在了手中。在前国家公安委员会委员长稻垣平造晋升为RB新晋外相之后，曾经担任过法务省次官的樱井武史成为了新一任的国家安全委员会委员长。
这一系列的变动