整个系列看起来，根本是不存在所谓的位面现实世界的。
这部影片在拍摄放映后，就引起过很多争议，其中之一就是，人类的基地——锡安是不是真实世界，如果你单看第一部，那绝对是真实世界，但是你看完了三部曲，就很难在下这个结论了。如果人类发抗组织的阵地锡安是真实的，那么如何解释生活在虚拟矩阵中的“先知”？那个无所不知的人？她为什么不去锡安？她的真身又在哪里？
林扬越想越觉得心颤，他似乎感觉到了一股强大的力量在高空俯视着这一切。让这一切都陷入一个死循环中，而他就像一个蝼蚁一般。
“不不~~”林扬摇了摇头，他看过电影，他不愿意做出那样的设想，但是事实却在一步步的验证他现在所想的，“为什么？这你的意思这个位面根本就是矩阵制造的虚拟世界？包括什么反抗组织？包括飞船？包括人类的基地全部的全部，根本没有真实的？”
训练者没有给予直接的正面答复，而是摘下了墨镜，缓缓开口道：“有些时候，生活就像做梦一样，你在梦中醒来，以为一切都正常了，可是有一天，你又突然发现自己是不过还是生活在梦中罢了，一层一层的梦境，让你根本分不清真伪，看不到事情的真相，也根本不知道自己