中就进行过几次mNGS检测，并且也确实从中获得了相当重要的线索和提示。但以往使用mNGS，大多数时候是因为患者病情严重且常规渠道无法马上明确病原体。在这种没有办法的时候，他才会考虑将患者样本送到有mNGS检测能力的实验室进行检测。
而这个“其他”实验室，往往缺乏一个统一的标准能力。有些检测公司承诺可以在24个小时内完成对样本的检测和分析，并且给出报告。而有些公司则需要36小时乃至4时才能给出相应的结果。同时，不同的检测公司和实验室所拥有的，用于分析对比病原体的基因数据库规模也不尽相同。而数据库的区别事实上决定了不同实验室的检测灵敏度不同。这也可能会患者的检测结果造成负面影响。
同时，由于不需要对检测样品进行培养，也不需要对检测项目进行假设。mNGS设备这种“一网打尽”的检测方式不光会对检测样品中的微生物核酸进行检测，同时也会检测容器、环境和试剂中的微生物核酸。这会直接增加对检测结果的判断难度，并且干扰检测精度。对于那些进行商业化检测的公司而言，气溶胶污染和其他微生物影响几乎难以避免。
如果能够由医院购买这些设备并且投入使用，或许能在很大程度上避免这种