类传染病，以及包括天花、出血热、麻疹以及各种寄生虫病的防治工作。这一时期各地的卫生防疫站承担落实了主要的疾病控制任务。而在2000年之后，中国第一次开始建立了和西方统一标准的疾病控制机构体系。在设立是十一个月之后，疾病控制中心迎来了第一次大考——SRAS疫情的爆发。
当时刚设立不久的疾控中心在随后的几年中获得了巨大的资源倾斜，但随着时间推移，疾控人才流失仍然成为了疾控中心的心腹大患。投入使用了十数年的疫情直报系统在这些年里一直有着相当不错的战绩，但却在这一次的新型冠状病毒疫情中突然展现出了巨大的缺点。
尽管有些不足，但疾控中心仍然在对抗疫情的战斗中发挥了重大作用。疾病控制中心的实验室最早分离出了病毒样本，最早完成全基因组测序，最早完成电镜显微照片拍摄。这都为控制疾病传播创造了条件。
但日本的情况和中国完全不同——他们压根就没有专门的疾病控制和预防机构。没有直报系统，没有隶属于国家级别的高级别生物安全实验室，没有大量专业人才长期从事疾病预防和控制工作。可以说，作为亚洲唯一发达国家的日本，在传染病的控制和预防上几乎就是白纸一张。
没有检测能力