第二层地形最缓，所占面积最大，是第一层的三倍，分为几个区域。包括天王殿，观音殿，地藏殿（塔灵），珈蓝殿，罗汉殿，讲经堂，客堂，香积厨。
第三层面积只有第二层的一半，包括演武场，木人巷，藏经阁，禅堂。
第四层面积和第一层差不多，是僧舍，斋堂，方丈室所在的地方。
而第五层和第四层面积一样。准备修建万佛塔，然后种植几种从藏经阁中兑换出来的珍惜草木。如甘木、不死草、櫰木、杤木之类，虽然生长期漫长，但作用很大，算是留给后人了。素问还打算种植几株净心茶，也放在这里。
第一层和第二层之间的斜坡完全是由石板浮雕构成，上面是一些佛经上的故事。其余每层之间的斜坡素问准备种上一些果树。同时每层也在空地上种植各种果树，一方面可以美化环境，另一方面就是有所收获了。
这些加在一起，包括两层之间的斜坡，占地一共是在150亩。剩下130亩素问打算都改造成梯田，种植大米蔬菜。
山体改造的负责人首先提出一点异议，就是大量的树木砍伐会造成水土流失严重，容易造成山体滑坡。虽然素问所要求的每一层和两层中间的斜坡都种上果树，但果树的栽种不是短时间内