经立于学官，有五经十四博士，而古文经只在民间流传。经过一百多年的传授和多次传抄，至东汉末年，当时的今文经和古文经，不仅字体不同，而且内容也不一致，必须首先进行整理，才能进行注释。
东汉时期，今文经学还是官方学术的主体，从洛阳的太学到州郡县所设立的官学，传授者都是今文经一些著名的经师，他们所著录的弟子，往往成千上万。但从发展趋势看，今文经由于其本身的弱点而日趋衰落。今文经学最大的弱点，一个是妖妄，一个是繁琐。今文经用谶纬说经，充斥着荒诞不经的迷信邪说，这些邪说曾经获宠于一时，但它的欺骗性逐渐被戳穿，也就逐渐被蔑视。
古文经学的一个特点是“通训诂”，“举大义”，“不为章句”。与今文经学比较，古文经学是一种简单明了、思想犀利的学术。由于这种特点，东汉时期古文经学发展很快，它虽然未立学官，却逐渐成了私学的主流。在学术方面，古文经学取得了很大成就。东汉一代，古文经学的大师辈出，如桓谭、班固、王充、贾逵、张衡、许慎、马融、郑玄等人。在古文经学的训诂和注释方面，成就最大者是许慎、马融、郑玄三人。
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东汉末年，今、古文经学严重对立，互相攻击。