东汉的中央政府，还是以三公九卿组织而成的。但在新皇帝即位之时，则以太傅或太尉录尚书事，总揽政务。光武躬政，以尚书台总领纪纲，职无不统。御史台也合并在少府下面。侍中在西汉本是加官，到东汉设立侍中寺，献帝时给事黄门也并入侍中寺，成为少府下面的一个机构。西汉时，有太师、太傅、太保，称为上公，而东汉则仅有太傅一人，也称上公。每当新皇帝即位，辄置太傅录尚书事，总揽朝政。录尚书事这一官称创始于西汉。上公之下是三公。东汉以太尉、司徒、司空为三公。太常、光禄勋、卫尉三卿，太尉所部；太仆、廷尉、大鸿胪三卿，司徒所部；宗正、大司农、少府三卿，司空所部。东汉九卿之长均加“卿”字，其秩皆中二千石。东汉又有各级将军，也是中央要员，比公者四：第一大将军，次骠骑将军，次车骑将军，次卫将军，又有前后左右将军。大将军位在三公之上，骠骑将军、车骑将军、卫将军在三公之下。前、后、左、右将军，位在上卿之下，不常置，东汉中期以后，太后临朝称制，外戚执政，常假借兵权以自重。于是，大将军便成为中央的主要官员了，并与太傅三公合称为五府。
东汉的地方官，仍沿袭西汉旧制，分封王、侯与州、郡、县双轨置。东汉划天下为十