战的时候，日本国内却因为生在地铁站的那场灾难变的一片混乱，为了阻止混乱持续下去，确保各个城市的安全，日本军方当即宣布对日本各大城市进行军事管理，大批的士兵乘坐的军车进驻各大城市，一时间使日本国内的局势变的格外的紧张。
尽管日本军方及时介入这次的病毒危机，但是因为他们无法掌握小田的行踪，最终还是造成病毒在日本各地逐渐扩散，虽然日本军方一再的把责任推到华夏身上，但是因为日本军方暗中研究埃博拉病毒的证据被逐渐的公开，大部分愤怒的日本民众再也不相信当局和军方的解释，他们不但冲击了日本各个职能机构，甚至还纷纷召回自己在自卫队服兵役的亲人，结果不但使日本当局的许多部门都陷入瘫痪，甚至还使因为军事接管而刚刚稳定下来的城市再次陷入混乱当中，同时一场罕见的逃难潮在日本慢慢的形成。
随着时间的推移，受到攻击的民众越来越多，最后甚至弄的人心惶惶，不管是白天还是晚上，几乎没有人敢随便上街，使得昔日繁华的城市突然之间安静了下来，为了避免埃博拉病毒灾难重演，日本军方派出了大批的兵力，对生民众遭受袭击的区域展开了地毯式的收索，最终用了三天的时间在日本东京大阪市的一处下水道里现已经完全失去