就如从前孙元和刘宇亮所商议的那样，新设的扬州镇所有四千五百兵马，一营的编制。所辖如皋、通州、海门、崇明、泰兴几地。
另外，裁撤淮安大河卫
。前大河卫都指挥使司的兵马和卫所的土地、房屋一并移交给扬州镇。
明朝一省的军政政治制度实行的是三司制，布政使司负责民政，提刑按察使司负责刑狱，都指挥使司负责军事。（棉花糖 提供Txt免费下载）以前的大河卫所穿了，其实就是负责整个南京地区军事的。
不过，南京乃是国朝陪都，当地驻有大量军队，归属于不同的军事机关。比如南京城防由留守太监负责，南京城外的军事则还有一个凤阳总督，另外漕运和盐运还有自己的军队。明末卫所崩坏，又经过几场大败之后，大河卫已经没有拿得出手的军队了。
如今，南直隶地区的防御全靠凤阳总督手下的兵马，如今的凤阳总督正是马士英。
马士英此人孙元还是很了解的，当然，这种了解主要来自史料。就孙元看来，这个未来的南明首辅算得上是当时有能力，有手段，并有担待的人杰。
能够被称之为人杰的，都是异常精明之人。今年年初，南方贼军死灰复燃，马士英即有拱卫南