佥都御史出任宣府巡抚，因失职被免职，流寓南京。这个时候，阮大铖在遭到《留都防乱公揭》声讨以后，也流落南京。二人朝夕相处，关系更为密切。
后来，前内阁辅臣周延儒遭温体仁排挤而下野，一直耿耿于怀，意欲东山再起，再显一番身手。他的门生复社领袖张溥，早就对内阁首辅温体仁及其党羽蔡奕琛、薛国观迫害东南复社众人愤恨不已。
复社成员礼部员外郎吴昌时写信给张溥，劝他怂恿周延儒复出。
于是庶张溥与员外郎吴昌时为之经营，冯铨、侯恂与阮大铖等人筹集白银六万两，作为买通路子的活动经费，终于使得周延儒于崇祯十四年九月以吏部尚书中极殿大学士头衔出任内阁首辅，挤掉了温体任。
由于阮大铖在周延儒复出中出钱出力，所立功劳甚大。于是，他便向周延儒讨官，以洗刷自己的逆案耻辱。
周延儒感到为难，对他说：“我此行谬为东林所推，你名在逆案，可以吗?”
阮大铖沉吟良久，也知道自己当年依附魏忠贤名声实在太臭，若是要重回政坛，只怕要引起百官的强烈反对。不得已收回请求，转而推荐马士英。
周延儒表示同意。于是马士英就在崇祯十五年六月以兵部右侍