都由军事委员会下属的总参谋部直接掌握，军队无国民政府特别授权不得干涉地方民政，不得摊派和征税，军队团以下军官的任免权也隶属于总参谋部，团以上则由军事委员会直接任免，如此种种，基本上军队就很难私有化和军阀化了。
而军事委员会常委名单也基本敲定，只等国民政府成立，由王振宇出面提名，而后交国民大会审议任命。
接下來就是最高法院的人选了，按照谈判的结果，最高法院设立一名终身大法官，而终身大法官一职公议由伍廷芳出任。
接下來是国民政府政务院院长一职，按照约定，整个国民政府的组织结构第一步就是设立政务院，监察院和考试院，而其政务院就相当于北洋政府的国务院，所以政务院院长一职十分关键，这也就成了各方势力争论的焦点，经过大家一番争论，在王振宇妥协的基础上，政务院最终设立院长一名，副院长一名，政务委员三名（分管财政，外交，交通，文体），所有部门部长的提名将由这个人组成的政务院政务会议审议，其院长一票顶二票，审议之结果在报国民政府主席批准后，由政务院院长签发委任。
最终赢得国民政府第一任政务院院长的是胡汉民，这被视为王振宇的重大让步，副院长是周质云，