重要人物到军装局开会，陈树藩也参加，经过一番争议，最后，双方勉强达成一致协议：以张凤翙为大统领，万炳南、钱鼎为副大统领，组成了秦陇复汉军革命军政府，其他人员也有一定职务，如张钫任东路军大都督，张云山任兵马大都督，马玉贵任粮饷大都督，刘世杰任军令大都督，张钫提出任陈树藩为张云山的参谋长，但遭到万炳南、张云山的反对，张凤翙、钱鼎也不表态，结果，自认为立了大功的陈树藩捞不到一官半职，一怒之下，跑到渭北投奔井勿幕，帮助井勿幕组织民军，不久，山西革命党人电请张凤翙派兵援晋，张凤翙才任命陈树藩为河东节度使，指挥陈树发、严飞龙、王飞虎三个标，渡过黄河，占领了山西运城。
这些还不足以说明陈树藩的本事，袁世凯时代，陆建章在陕西剿灭了白狼之后督陕，以陆建章的手腕，陕军自然是难逃裁撤的命运了，不过陈树藩的军队不但沒被裁撤，陈树藩还和陆建章拜了把子，就这样成功的躲过了袁世凯时代的撤藩运动。
护国战争爆发后，陆建章命陈树藩率部由同州、蒲城向西，陆承武率“坚团“由西安往北，两下夹攻，围剿渭北郭坚、曹世英等反陆“股匪“，陈树藩感到陆建章已失尽民心，倒台是迟早的事，因此，暗也参与反陆运动，