卫鞅的主持下进入了第二阶段。
卫鞅再度改革了秦国的国政，实行开阡陌封疆，废井田，制辕田，允许土地私有及买卖、推行县制、初为赋、统一度量衡、燔诗书而明法令，塞私门之请，禁游宦之民、执行分户令禁止百姓父子兄弟同居一室等方政策。
在孙膑得到齐国大将田忌的赏识拜见齐威王开始进入齐国军队之时，卫鞅再度借助秦孝公的权势将秦国的反对派打压，甚至因为太子犯法，将其太师太傅公子虔、公孙贾两人处以黥劓之刑，自此彻底将秦国已然畏惧其强权的贵族阶层掌握于心中。
当孙膑以策对论助田忌于赛马之会上战胜齐威王从而声名远扬为齐威王赏识拜为兵法老师，开始进入齐国军队上层之时。卫鞅已然按照自己的道路将整个秦国打造成了几近自己理想国的选贤与能，讲信修睦；老有所终，壮有所用，幼有所长，矜寡孤独废疾者皆有所养；夜不闭户、道不拾遗的强大王国。
在魏惠王、齐威王于徐州订立了同盟条约，相互尊对方为王，孙膑和庞涓再度见面剑拔弩张的想要除掉对方时，察觉到齐魏两国火药气息的卫鞅将精力转移到了秦国军队之上，再度重申了军功十二级爵制并为每一个级爵位规定了可占有的田宅、奴婢的数量标准和衣服等次借以