一时间江水被染得殷红。在长江边等待渡江的中**人有些返回南京城内，避入安全区，有些被日军射杀或俘获。接着，日军在长江边将俘获的中**人加以集体屠杀。
南京沦陷后，第16师团根据事先制定好的计划，对南京城内及城外东郊地区进行"扫荡"。在"扫荡"过程中，第十六师团俘获了许多放下武器的中**人。对于俘虏，原师团长中岛今朝吾在其日记中记述说：
"败逃之敌大部进入第16师团作战地区的林中或村庄内，另一方面，还有从镇江要塞逃来的，到处都是俘虏，数量之大难以处理。""基本上不实行俘虏政策，决定采取全部彻底消灭的方针。"
"仅佐佐木部队就处理掉约15000人，守备太平门的一名中队长处理了约1300人。在仙鹤门附近集结的约有七八千人。此外，还有人不断地前来投降……处理上述七八千人，需要有一个大壕，但很难找到。
预定将其分成一两百人的小队，领到适当的地方加以处理。""这些败兵的处理，大多由第16师团负责，因此师团无暇顾及入城或宿营等，只是一味地东奔西走。"
第16师团步兵第30旅团长佐佐木到一也在日记中记述说:"接连不断地有俘虏前来投降，其数量高