宣布整个南洋为大明内海，所有船只未经大明允许，只能在满刺加、爪哇、泗水三地与大明交易，若需进入内海，必须解除武装，宣誓遵守大明律法方可进入。
大明的这个规定虽然引起西方强烈不满，但西、荷失败后，没有哪个国家敢于在南洋挑战大明的权威，葡萄牙也不得不交出澳门，退回满刺加，不过，作为友好商家，英、法、葡萄牙等国依旧允许在上海、广州等地设立商港，多少平息了诸国的不满。
弘光十八年三月，俘虏的西、荷两**队官兵共九千三百四十五人被押解入京，朝廷驳回了两国要求用银子赎回俘虏的请求，而是组织了一场盛大的审判，审判的内容主要是上次联国联军针对大明移民的屠杀，这次审判历经数月，最终共有八千七百三十人被判有罪，其中犯轻微罪行的五千三百余人，这些人可以用劳动或支付赎金来抵罪；二千一百余人犯有中等罪行，这些人被剥夺了支付赎金抵罪的权利，被判五至十年不等的劳动赎罪；另外一千三百五十九人被判犯有主要罪行，被判斩刑，其中还有近数百人被缺席审判，同样被处斩刑。
这次被缺席审判的数百人主要是崇祯十二年马尼拉针对华人的屠杀，这次屠杀过去了近二十年，大部份西班牙军队都已经返回本土，