在没有铁路，汽车的时代，维持数万火器部队的补给并不是易事，幸好从蒙古人手中缴获了数万匹骆驼。(顶点手打)尽管如此，在战事期间，明军依然组织了高达十万的民夫，维持着整个补给线，整个战役下来，国库足足花了二千万银币。
这二千万银币，如果是靠收税要从漠北赚回来，一百年也办不到，不每年补贴数百万就算不错了，若是以前，一下子花掉二千万两银子足可以让国库饿死老鼠，这也是为何文官们总不愿意打仗的原因。
就是现在，大明岁入已经突破三亿两，突然多出二千万银币的花费依然不是小数，军费扩张，势必对其余项目造成挤压，条约签订后，战事就算停下来。
乙巳条约的签订，并不意味大明对西北方面就能高枕无忧，青海方面的蒙古人要迁移，西藏尚没有向朝廷屈服，说起来，噶尔丹与朝廷签订条约，等于将西藏出卖。
为了统治新占的区域，朝廷新划分了三省，即漠北、甘肃、青海、加上漠南和由奴尔干都司改成的东北省、大明行政区域由原来的两京十三省变成了两京十八省。
新设的三省都是地广人稀，比漠南和东北省远远不如，常常数百里不见人烟，数百万平方公里的土地上人口不足百万，