相信着文明开化，人类把黑暗的部分从生活中排除了。实际上，那是对栖息在宵暗的生物来说，也是和人类互不干涉的舒适的环境。然后，在一个夏天的一天，没有任何预兆，险恶的妖雾开始包围幻想乡。看起来，那简直就象幻想乡在讨厌着阳光。
博丽神社的巫女，博丽灵梦也在过着平静安稳的生活。就在基本上不会有人来的这间神社，无聊又充实地过着快乐的生活。那样的夏天，灵梦稍微没那么无聊了。
灵梦：「真是的，到底怎么啦？这样不就阳光又没晒到天气又不晴朗了吗？」
这样下去，雾会盖过神社，到达人类的村落。幻想乡干涉了人们的生活的话，幻想乡也会被人类排除掉吧。
灵梦：「这样的话，找到原因解决就是巫女的工作（吗？）总觉得，那边的湖很奇怪，去看看吧！」
少女所能看到的只是一片的妖雾。直觉敏锐的少女，凭着感觉向着湖的方向出发了。
住在很少人住的森林的普通的少女，雾雨魔理沙，在天空普通地飞着。发觉不知什么时候，雾把整个湖都盖住了，让整个湖都看不清楚。直觉普通的少女，认为是可能在湖里有个浮着的岛之类的。
魔理沙「普通的情况下，人类也会在