九州府兵声势浩大而来，却兵不血刃而去，杜行敏抓获李佑，绕城而示众，关押于王府东厢，齐州之乱由是平定，李勣领军入城，各自抚民，一边上表奏闻，一边押解了李佑，送至长安，同党四十余人一并诛杀，吊于城头示众，其余人等既往不咎，齐州民众由是降服安定。
李勣带着徐真和杜行敏等一干有功之臣，入朝觐见，圣人不悲不喜，平了叛乱，却又少了一个儿子，加上太子之事，忧烦未消，也无甚宽慰可言，但未免寒了人心，还是授杜行敏为巴州刺史，封南阳郡公，其余诸人皆有赏赐。
这李佑性格乖张，颇为圣人不喜，朝堂之上仍旧自恃血统，笃定了圣人不敢杀之，李世民正为李承乾生死所扰，受不得李佑的气，遂以谋反之罪，贬为庶人，赐死于太极宫内省，盖因无子，国封尽除。
圣人到底宠爱太子，日夜牵挂却不得方法，如何也处置不下，遂将一干从犯作了处理，杜荷等人尽皆斩首，抄没家产，亲眷多有流放。
至于侯君集，圣人念顾多年旧功，亲至牢狱之中诀别，但言从龙多年，不忍刀笔吏辱之，侯君集回忆旧时光，悔恨难当，趁势替家人求饶，圣人一并赦免。
未过几日，侯君集授首，妻子得以赦免，流放岭南