文化根系，以后的枝繁叶茂也就显得顺理成章了。
这一切都要归功于儒门，后世儒家弟子也并不只是那些坚定与自己成见的腐儒，更多的是经久不衰的正气浩然，正如岳麓书院存在的浩然之气，可以毁灭书院之根本，但教化在人心中的正气，却浩然长存于世，而朱熹等人就是这其中的另类。
学院繁荣的另一个重要原因，就是学院善于找到与理想与现实，特别是与统治者妥协的平衡点。在保持相对学术独立性的同时，又积极寻求官方的认可和鼓励，这实在是一个聪明的做法。学院在理性地认可现实统治的基础上，很明智地把持着办学的自由和学术的方向。于是，历代统治者多有褒奖，学者也终有了一个相对言论自由的学术平台。北宋真宗皇帝召见山长周式，颁书赐额，书院之名始闻于天下，有潇湘洙泗之誉南宋张式主教，朱熹两度讲学。明代中后期，明世宗御赐敬一箴，王阳明心学和东林学派在此传播和交流，明清著名的爱国主义思想家王夫之在此求学，清代，康熙和乾隆分别御赐学达性天和道南正脉额。
而这与后世主流儒家弟子倡导的君为主，民为轻刚好相反，那时候的一些儒家弟子虽然没有抛弃儒家的正统思想，却也懂得不是迂腐的跟着圣人学，而万立命为根本