马超随父亲马腾与韩遂互相攻击，作战中遭遇韩遂将领兼女婿的阎行刺袭，用矛扫到马超的脖子，差点丧命。
建安七年（202年），官渡之战期间，司隶校尉钟繇镇守关中，袁绍旧部郭援、高干协同匈奴单于反叛于平阳，写信给马腾、韩遂，述说其中的厉害关系。马腾于是派马超率军入关中助战，朝廷任命马超为督军从事，讨伐郭援、高干。大战中，马超身先士卒，冲锋陷阵，被飞箭射中脚部，仍不退缩，用布裹住受伤的脚，继续领军作战年，大破敌军，部下庞德阵前斩杀郭援。曹操担任丞相时，曾想召封马超为徐州刺史，但马超不肯接受。于是曹操改封马超为谏议大夫。
建安十三年，马腾与镇西将军韩遂不和，请求入朝为官，被曹操任命为卫尉。马超的几个弟弟也被都征召为官，唯独马超留守凉州，被封为偏将军、都亭侯，统领马腾的部队。
建安十六年，曹操派遣钟繇、夏侯渊率领军队，试图经过马超等凉州军阀的领地进攻汉中张鲁。马超等人都怀疑这是针对自己用兵，马超对韩遂说：“之前司隶校尉钟繇曾命我谋害将军，关东之人已经不可以相信了。
如今我放弃我的父亲，如父亲一样对待将军，将军也应该放弃你的儿子，如儿子一样对待我