1986年袁老和其同门师弟农夫共同提出了杂交水稻的育种战略。
两人将杂交水稻的育种从选育方法上分为三系法、两系法和一系法三个战略发展阶段，即育种程序朝着由繁至简而效率越来越高的方向发展。
从杂种优势水平的利用上分为品种间、亚种间和远缘杂种优势的利用三个战略发展阶段，即优势利用朝着越来越强的方向发展。
根据这一设想，杂交水稻每进入一个新阶段都是一次新突破，都将把水稻产量推向一个更高的水平。
这项战略构想的提出，为华夏已取得三系法杂交水稻研究、开发成功后开展杂交水稻新探索指明了方向。
1987年，国家“863”计划将两系法杂交水稻研究立为专题，袁老和其师弟农夫再次组成了两系法杂交水稻研究协作组开展全国性的协作攻关。
历经九年的艰苦攻关，1995年两系法杂交水稻取得了成功，一般比同熟期的三系杂交稻增产5%～10%，且米质一般都较好，近年的种植面积为60000亩左右。
两系法杂交水稻为华夏独创，它的成功是作物育种上的重大突破，再次体现了以袁老和其师弟农夫为首的华夏杂交水稻科技工作者的聪明智