留下的愿意这些当兵的南军兵将，然后进行再挑选，合格者统一发给大明的军装和刀枪，从今以后他们就是大明朝的正式军人了，粮饷按规定照发。
那些不合格的兵将就地遣散，劝其回乡。
郑芝龙手下的那些所谓的文武百官，虽然没有治他们的罪，当然也不可能让他们全都官复原职了，这些人登记造册，先在原衙门待命，等大明京师内阁那边委派官员走马上任后，统一整顿吏治，再决定其任免去留。
这些南军将士和官员真是没想到如此便宜，不管是被遣散的，还是留下来接受改编成明军的，都觉得捡了天大的便宜，要知道造反是抄家灭门之罪，砍脑袋坐大牢是最轻的。现在全都既往不咎了，无论是继续留下吃粮当兵还是遣散还乡，这简直就是天大的便宜！
因此数万南军将士，包括文武百官在内，无不感念这位大明临国龙恩浩荡。
福建周围80万明军，加上收编的南军将士，在这一带勤王的将近百万大军。
至此，郑芝龙建立的大南帝国彻底消亡了。消息传到了大明的京师燕京和陪都南京，轰动朝却。
燕京内阁六部的官员，无不整冠抖袍望福建方向顶礼膜拜，包括太子朱糍良等人在内。