博士没办法只能先照顾她，当然这也是初恋的意见。她觉得博士没有孩子，自己又经常出差，身边多个孩子也好，免得博士孤单。
于是博士就安排灰原哀上学，当然也办了收养的手续。
灰原哀是真的看不懂，不过终于忍耐到了学校，见到了工藤新一，可算是可以把博士的可疑之处全部告诉他了。
柯南并不知道转学进来的小丫头和他一样，都是缩小的。他现在还在忍受小学课程的摧残，以及少年侦探团的折磨。
灰原哀转学第一天就遇到了假币案件，原来同学的哥哥被绑架了，而他的哥哥是个画家，最擅长的就是人物临摹。
所以假币的罪犯绑架他，希望他能画假币。而这些罪犯也穿着黑衣服。
一听见是黑衣服的可疑分子，柯南就立刻警觉起来了，当然最后发现并不是黑衣组织，只是一群普通的假币罪犯。
在破案的过程中因为少年侦探团的捣乱，让柯南陷入了险境。要不是灰原哀拿起手枪射击，少年侦探团就真的要团灭了。
少年侦探团再次给柯南制造了比黑衣组织更危险的局面。黑衣组织虽然强大，但他们可怕的是犯罪计划，但只要有计划，柯南就有把握抽丝剥茧。
而少年侦探团的可