今科学家们都在找为什么只死了五个的原因，去研究活着的两个罪犯。
可是活下来的罪犯也没有什么特别的，科学家们进入了迷宫的死路，完全没有任何方向。
而更加可怕的是，死亡还在继续。
又一批死者出现了，这一次不再局限于东京的几个监狱，连京都监狱也出现了死者。不管是什么原因，死亡正在扩散。
而且死者全是一样在隔绝的环境中，在封闭的牢房里，突然地遇难。两地的调查组合二为一，在警视厅展开全面的调查。
黑岛突然想到了杜兰，他不是很会推理么？不如把他弄到调查组里，这样他离开居民楼，自己杀人也更容易一些。她还以为这些推理都是杜兰做的，却不知道杜兰其实就是柯南的掩护罢了。
她一心觉得杜兰是妨碍她罪恶的最大阻碍，其实她动过杀心，想要杀掉杜兰这个最大的绊脚石。可是她的直觉告诉她，杜兰不简单，自己不一定是对手。所以不如把杜兰搞到专案组里，调虎离山。
不过她人微言轻，只是一个小小的打下手的助理。所以还要让她的老师老教授帮忙，她的老师是相当著名的学者，他的话就很有说服力了。
黑岛就聊起了最近公寓里的案子，说起了杜兰神乎其神