整座陵园可分为四个层次，即地下宫城（地宫）为核心部位，其它依次为内城、外城和外城以外，各各主次分明。
陵园核心的核心是地宫，秦陵地宫位于内城南半部的封土之下，相当于秦始皇生前的宫城。对此，《史记》记载其“以水银为百川江河大海，机相灌输。上具天文，下具地理。”但地宫里的真实情况究竟是怎样的，现在也没人知晓，因为直到现在为止，也没有人打开过秦陵地宫。
其次是内城，内城是秦陵园的重点建设区，内城垣内的地面地下设施最多，尤其是内城的南半部较为密集。地下宫城、寝殿及车马仪仗、仓储等众多的陪葬坑均在内城的南半部。内城北半部的西区是附属建筑区，东区是后宫人员的陪葬墓区。
再次是外城，即内外城垣之间的外廓城部分，其西区的地面和地下设施最为密集。有曲尺形大型马厩坑、三十多座珍禽异兽坑、四十多座后宫人员的陪葬墓、三组四合院式的园寺吏舍建筑基址。其中还有大型陪葬坑，出土了大批石铠甲及少数车马器，还有“百戏俑”。其内涵为象征京城内的厩苑、囿苑及园寺吏舍。
最后是外城垣之外的地区，其东边除了众所周知的秦兵马俑坑外，还有近百座小型马厩坑及众多陪葬墓。其西边则有三处修陵人员