“左断刑”以断刑少卿为首，配有大理寺正、大理寺丞、司直、评事等专职的司法官，以及主簿（相当于行政秘书）二员、吏人（办事员）五六十名；下设开拆司（相当于立案庭）、表奏司（相当于办公室）、知杂司（杂务处）、法司（相当于法律研究室）、分簿案（相当于秘书处）、宣黄案（相当于行政审判一庭）、磨勘案（相当于行政审判二庭）、详断案八房（八个刑事上诉庭）、架阁库（文书档案室）。
“左断刑”的全体法官又分别组合为两个司：以评事、司直、大理寺正为“断司”，负责详断案件，有点像审判委员会；以大理寺丞、少卿、卿为“议司”，负责复议“断司”审断的案件，类似于审判监督庭。凡大理寺受理的案子，庭审之后，例由“断司”先作出初步裁决，然后送“议司”复议，最后由大理寺卿审定。
“右治狱”以治狱少卿为首，配有大理寺正、大理寺丞、检法使臣、都辖使臣等法官，以及监门官（相当于驻守门岗的法警）二员、吏人三十余名；下设开拆司、表奏司、知杂司、驱磨案（掌涉案物资的调查）、左右寺案（相当于执行庭）、左右推（掌刑案的“事实审”）、检法案（掌刑案的“法律审”）。
但元朝时，大理寺被取消。后来朱元璋虽然恢